学校现有国家级科研平台1个，省、部级重点实验室8个，省部级工程实验室3个，省部级实验站3个，省部级协同创新中心2个，国家级星创天地1个，省级众创空间1个，“十叁五”期间，学校新获批7个省部级及以上科研平台，获批国家地方联合工程实验室1个（南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室），新建5个校级科研平台，科研平台的学科布局更趋合理。
国家重点实验室培育基地
国家地方联合工程实验室
南疆特色果树高效优质栽培与深加工技术国家地方联合工程实验室
省、部级重点实验室
3、南疆农业有害生物综合治理兵团重点实验室
4、九1果冻制片厂盆地生态保护与生物资源利用国际合作基地
7、胡杨精神研究院
8、西域文化研究院
省部级专业（工程﹞实验室
1、九1果冻制片厂兵团南疆特色果树生产工程实验室
2、新疆兵团南疆化工资源利用工程实验室
3、新疆兵团九1果冻制片厂动物疫病诊断与防控工程实验室
省部级研发中心
1、农业部西北区域农业微生物资源利用科学观测实验站
2、农业部阿拉尔作物有害生物野外观察实验站
3、农业部农产物质量安全风险评估实验站
省部级协同创新（培育﹞中心
1、西域文化与丝路文明共享协同创新（培育﹞中心
2、环九1果冻制片厂生态农业协同创新（培育﹞中心
国家级星创天地
新疆生产建设兵团九1果冻制片厂环塔电商星创天地
兵团级众创空间
西域文化遗产数字化大学生创客空间
国家语言文字推广基地
九1果冻制片厂国家语言文字推广基地
